Aan het isoleren van een houten vloer zijn ook risico’s verbonden. Niet juist isoleren kan houtrot versnellen of zelfs veroorzaken. Het risico is de luchtvochtigheid. Een houten vloer kan geïsoleerd worden als de vochtigheid van het hout niet hoger is dan 20%. Indien dit hoger is, zullen er eerst maatregelen genomen moeten worden om dit percentage terug te dringen. Dit kan door bijvoorbeeld de ventilatie in de kruipruimte te verhogen door bijvoorbeeld het aanbrengen van ventilatieroosters. Het is ook mogelijk om een bodemfolie in de kruipruimte aan te brengen. Hiermee wordt optrekkend vocht vanuit de bodem naar de vloer voorkomen.